故事發生在1999年，那個不詳的世紀之789電影。坐落在深山之中，由于不斷的發生靈異事件而被稱為“超自然學院”的私立學校里，迎來了它年輕強勢的新一任校長——神代瑪雅（日笠陽子配音）。絕對不相信有超自然力量存在的瑪雅，此行便是為了調查父親里奇的死因而來，這樣的她，遇見了一位名叫內田文明（水島大宙配音）的神秘男子，剛剛登場的內田，便說出了讓瑪雅吃驚的話語，他居然來自未來的2012年！這個形跡可疑的男子的話能夠相信嗎？2012年的世界是怎樣的景象？一連串意外讓瑪雅逐漸相信了內田的說辭，而內田究竟為何而回到過去，這原因也漸漸的浮出了水面。……