第四次忍界大戰結束的兩年后，此時此刻的漩渦鳴人（竹內順子 配音）早已成為蓋世英雄一般的人物，無論他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜愛與追捧，他似乎也有其享受這樣喧囂歡鬧的氛電影天堂。與之相對，壁花小姐日向雛田（水樹奈奈 配音）則始終站在角落里，默默注視著這個她喜歡了多年的男孩子。雛田親手為鳴人織了圍巾，怎奈無法鼓足勇氣交給對方，喜歡的話語更難以說出口。某個夜晚，雛田的妹妹花火（淺井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，帶火的隕石則落在附近的山坡之上。為了救回花火，阻止地球毀滅，鳴人、雛田、小櫻（中村千繪 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去調查舍人（福山潤 配音）的真身。在此過程中，鳴人不小心知曉了雛田的心意……　　本片情節介乎《火影忍者》漫畫699話和700話之間

在一片寧靜的小山村，少女渡瀨明日菜（金元壽子配音）時常站在山頂，用父親留給她的神秘礦石作二極管，收聽著來自外面世界的美妙音最新電影。在一次放學途中，明日菜遭到一頭怪獸的襲擊，關鍵時刻她被俊美少年瞬（入野自由配音）救下，純潔的友誼在少男少女之間開始萌芽。明日菜體味著友誼的甜蜜，卻不知瞬在某天悄然離開人世。新來的男老師森崎龍司（井上和彥配音）為孩子們講述了死國的傳說，明日菜這才意識到瞬正是來自另一個世界雅戈泰的人。森崎真實身份隸屬某個神秘組織，他和明日菜的心中都有想要復活的人，于是經過一波三折，他們隨著瞬的弟弟心一同來到了傳說中的雅戈泰。在這個絕美而凄惶的國度，他們展開了似乎永無止境的旅程……

TVシリーズ化もされた人気カードゲーム?コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第38090電影。カードバトル?デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未來から來た謎の男?パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト?ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ね、そこで事件の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト?武藤遊戯と力を合わせ、パラドックスとの壯絶なデュエルに向かう。

4月2日，全新的游戲王動畫始動！講述18歲新主角集齊6（原五張）龍卡的全新故事！　 　　武藤游戲的時代數十年后的童實野町，演變成了階級社會的未來都市——新童實野最新成人片。主人公不動游星駕駛著決斗盤的進化型D輪摩托以從下層區到上層區為目標奔馳。　 　　以奪走對自己和朋友很重要的卡星塵龍的為所欲為的競敵·騎乘決斗的冠軍人物杰克·阿特拉斯所在的決斗競技場為目標，終于游星和杰克對峙了。懷著各自的堅定信念的他倆的王牌怪獸——星塵龍與真紅魔龍展開激烈沖突！在二龍之戰中忽然出現的神秘紅龍，讓游星的手臂浮現出了龍之印。由龍之印所引導的各自的命運在這一刻開始了。到底為朋友而戰的游星前面等待著他的會是什么？龍之印所帶來的到底又是什么呢？ 　　時代是游戲王GX后的幾十年。 　　決斗盤進化！騎乘決斗大為流行！ 　　在5D'S的時代，結合了摩托競速與卡片游戲的競技騎乘決斗，以騎乘型最新決斗盤D輪進行的高速感決斗十分流行，讓觀眾也跟著狂熱起來！新怪獸陸續登場！新動畫當然也是充滿各種決斗場面！ 　　從沒見過的怪獸們正極度活躍之中。 　　游戲王5D’S的卡片也有所不同了： 　　新規則中白色同調怪獸卡追加！ 　　這次的新規則中添加了一種名為同調怪獸的白色卡片，能力：放在額外卡組，如果場上的對應協調怪獸和其他怪獸的等級合計與同步怪獸的等級吻合可以特殊召喚。　　衛星區篇　　以武藤游戲所在時代數十年后的童實野市為舞臺。那時的童實野市被稱為“新童實野市”，是一個根據身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級社會，流行著使用被稱為“D輪（D Wheel）”的摩托車型決斗盤決斗的“騎乘決斗（Riding Duel）”。　不動游星在新童實野市的下層地帶“衛星區（Satellite）”中與同伴們一起生活著。因被對手——騎乘決斗的KING“杰克·亞特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星塵龍（Stardust Dragon）”，為了把它奪回，游星逃出了衛星區。　　Duel of Fortune Cup篇　　再會后的游星與杰克在Stadium進行了騎乘決斗。在白熱化的戰斗展開途中，兩人的手臂突然出現了印記，最后伴隨著雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍出現了。得知此事的治安維持局長官雷克斯，將游星的同伴捉走作為人質，強迫他參加優勝者可以獲得向KING杰克的挑戰權的“Duel of Fortune Cup”大賽。在這個大賽里被雷克斯吸引過來的游星、超能力決斗者十六夜亞紀、天才決斗少女龍可、還有杰克4人、都覺醒為“紅龍的龍印者”，最后獲得優勝的游星在與杰克的決斗中獲得了勝利，成為了新的決斗王。　　暗印者篇　　原來Fortune Cup是歌得溫為了集合龍印者所舉辦。另一方面，一群名為“暗印者”的決斗者已經蠢蠢欲動，他們能夠展開會令決斗者受到真實傷害的“黑暗決斗”，以及使用一種叫“黑暗同步”的新戰法，以及在背后控制他們的“地縛神”。游星以建造連接衛星區和都市區的代達羅斯橋為條件，前往衛星區阻止“暗印者”的計劃。　　WRGP篇　　與“暗印者”之戰半年后，連接衛星區和都市區的橋梁終于完成，彼此的界線總算消失。全市還建造了大量專為騎乘決斗而設的高速公路，還開發了高速世界2取代以前的高速世界，世界大賽“WRGP”開幕在即，游星等人組成“5D'S隊“參賽。然而，新的威脅已經悄悄地來臨——神秘組織“太一”的三皇帝出現，使用可以吸收同步怪獸的“機皇帝”欲圖毀滅童實野市，市區上空不時浮現不祥的黑影。雙方在大賽決戰相遇，這場戰斗的勝負將決定童實野市的存亡。　　弧線搖籃篇　　雖然阿波利亞被打敗，帶來毀滅的黑影正體”弧線搖籃“還是出現了，童實野市危在旦夕。而主使這一切的”Z-ONE（忘-我）“也終于浮出水面，來自被破滅未來的他要毀滅災禍的肇源童實野市改變未來。游星等人不能認同他的做法，登上”弧線搖籃“與”Z-ONE“展開最后的決戰。最終，Z-ONE被游星擊敗，弧線搖籃消失，游星拯救了童實野市，平安歸來。　　后日談　　Z-ONE被打敗數年后游星等人的故事。　　副注　　現在看到的故事劇情是在Z-ONE介入改變歷史后的情況。原本的歷史到暗印者就是最終BOSS，沒有WRGP存在。之后游星與同伴參加各種國際大賽，在不斷的磨煉中領悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成為將人類領向進化新時代的傳奇人物。但在未來人類因為過快進化濫用同步而惡欲膨漲，招來毀滅。Z-ONE為改變介入了過去改變了歷史，故事才有了現在的情況。

故事舞臺是在現代的意大利都市，政府機關“社會福祉公社”表面上是收容重傷殘障的少女給予醫治和幫助職業訓練的福利機構，但實際上是將收容的少女加以義體改造并投入藥物加以洗腦制約使其成為對抗恐怖份子的尖最新電影。每位少女都搭配一位輔佐官，而這組合稱為“fratello”是意大利語中“兄妹”之意，每位少女對其輔佐官都有制約造成的混合了愛情及親情的絕對忠誠。跟社會福址公社敵對的恐怖組織是被稱為“五共和國派”的組織。該組織的政治訴求，是響應以意大利北部為據點的“北部同盟”（Lega Nord）黨首Umberto Bossi所提倡，意大利北部8省與中部3省（包括托斯卡納（Toscana），翁布里亞（Umbria），馬爾凱（Marche））應該自意大利共和國分離獨立的主張，并依此實行武裝抗爭運動的組織（但在現實中的意大利并無此組織，真實存在的北部同盟也不支持恐怖活動）。

4月2日，全新的游戲王動畫始動！講述18歲新主角集齊6（原五張）龍卡的全新故事！武藤游戲的時代數十年后的童實野町，演變成了階級社會的未來都市——新童實野最新電視劇。主人公不動游星駕駛著決斗盤的進化型D輪摩托以從下層區到上層區為目標奔馳。以奪走對自己和朋友很重要的卡星塵龍的為所欲為的競敵·騎乘決斗的冠軍人物杰克·阿特拉斯所在的決斗競技場為目標，終于游星和杰克對峙了。懷著各自的堅定信念的他倆的王牌怪獸——星塵龍與真紅魔龍展開激烈沖突！在二龍之戰中忽然出現的神秘紅龍，讓游星的手臂浮現出了龍之印。由龍之印所引導的各自的命運在這一刻開始了。到底為朋友而戰的游星前面等待著他的會是什么？龍之印所帶來的到底又是什么呢？時代是游戲王GX后的幾十年。決斗盤進化！騎乘決斗大為流行！在5D’S的時代，結合了摩托競速與卡片游戲的競技騎乘決斗，以騎乘型最新決斗盤D輪進行的高速感決斗十分流行，讓觀眾也跟著狂熱起來！新怪獸陸續登場！新動畫當然也是充滿各種決斗場面！從沒見過的怪獸們正極度活躍之中。游戲王5D’S的卡片也有所不同了：新規則中白色同調怪獸卡追加！這次的新規則中添加了一種名為同調怪獸的白色卡片，能力：放在額外卡組，如果場上的對應協調怪獸和其他怪獸的等級合計與同步怪獸的等級吻合可以特殊召喚。衛星區篇以武藤游戲所在時代數十年后的童實野市為舞臺。那時的童實野市被稱為“新童實野市”，是一個根據身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級社會，流行著使用被稱為“D輪（DWheel）”的摩托車型決斗盤決斗的“騎乘決斗（RidingDuel）”。不動游星在新童實野市的下層地帶“衛星區（Satellite）”中與同伴們一起生活著。因被對手——騎乘決斗的KING“杰克·亞特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星塵龍（StardustDragon）”，為了把它奪回，游星逃出了衛星區。DuelofFortuneCup篇再會后的游星與杰克在Stadium進行了騎乘決斗。在白熱化的戰斗展開途中，兩人的手臂突然出現了印記，最后伴隨著雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍出現了。得知此事的治安維持局長官雷克斯，將游星的同伴捉走作為人質，強迫他參加優勝者可以獲得向KING杰克的挑戰權的“DuelofFortuneCup”大賽。在這個大賽里被雷克斯吸引過來的游星、超能力決斗者十六夜亞紀、天才決斗少女龍可、還有杰克4人、都覺醒為“紅龍的龍印者”，最后獲得優勝的游星在與杰克的決斗中獲得了勝利，成為了新的決斗王。暗印者篇原來FortuneCup是歌得溫為了集合龍印者所舉辦。另一方面，一群名為“暗印者”的決斗者已經蠢蠢欲動，他們能夠展開會令決斗者受到真實傷害的“黑暗決斗”，以及使用一種叫“黑暗同步”的新戰法，以及在背后控制他們的“地縛神”。游星以建造連接衛星區和都市區的代達羅斯橋為條件，前往衛星區阻止“暗印者”的計劃。WRGP篇與“暗印者”之戰半年后，連接衛星區和都市區的橋梁終于完成，彼此的界線總算消失。全市還建造了大量專為騎乘決斗而設的高速公路，還開發了高速世界2取代以前的高速世界，世界大賽“WRGP”開幕在即，游星等人組成“5D’S隊“參賽。然而，新的威脅已經悄悄地來臨——神秘組織“太一”的三皇帝出現，使用可以吸收同步怪獸的“機皇帝”欲圖毀滅童實野市，市區上空不時浮現不祥的黑影。雙方在大賽決戰相遇，這場戰斗的勝負將決定童實野市的存亡。弧線搖籃篇雖然阿波利亞被打敗，帶來毀滅的黑影正體”弧線搖籃“還是出現了，童實野市危在旦夕。而主使這一切的”Z-ONE（忘-我）“也終于浮出水面，來自被破滅未來的他要毀滅災禍的肇源童實野市改變未來。游星等人不能認同他的做法，登上”弧線搖籃“與”Z-ONE“展開最后的決戰。最終，Z-ONE被游星擊敗，弧線搖籃消失，游星拯救了童實野市，平安歸來。后日談Z-ONE被打敗數年后游星等人的故事。副注現在看到的故事劇情是在Z-ONE介入改變歷史后的情況。原本的歷史到暗印者就是最終BOSS，沒有WRGP存在。之后游星與同伴參加各種國際大賽，在不斷的磨煉中領悟“CLEARMIND”、加速同步、三角加速同步，成為將人類領向進化新時代的傳奇人物。但在未來人類因為過快進化濫用同步而惡欲膨漲，招來毀滅。Z-ONE為改變介入了過去改變了歷史，故事才有了現在的情況。