為了整理外婆的遺物，主人公鷹原羽依里在暑假獨自來到了鳥白8090電影網(wǎng)。走下一天只有幾趟的渡輪，他遇見了一位少女。她任憑海風吹拂著發(fā)絲，只是眺望著……那水天相接的邊境。回過神來，那位少女不知已經(jīng)去往何方。羽依里似乎有些悵然若失，但他還是向外婆家走去。有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已經(jīng)開始在那里整理遺物了。羽依里幫忙整理著充滿著外婆回憶的遺物時，也逐漸適應(yīng)了初來乍到時讓他無所適從的“島上的生活”。在都市生活中無法體會到的，與大自然的邂逅。這樣的島上生活，能讓他想起曾經(jīng)遺忘的，值得懷念的點點滴滴。與眺望著大海的少女相遇。與迫尋奇幻蝴蝶的少女相遇。與尋找回億和海盜船的少女相遇。與住在寧靜燈塔的少女相遇。在島上結(jié)識了新伙伴——曾經(jīng)想著，如果這個暑假永遠不會結(jié)束就好了。

宇宙世紀0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和國議長發(fā)表完《完全獨立宣言》后意外身亡，由此引發(fā)了連番的動亂，許多人的命運也就此發(fā)生根本轉(zhuǎn)最新倫理片。轉(zhuǎn)眼來到宇宙世紀0074年，愛德華·瑪斯（池田秀一配音）以夏亞·阿茲納布的身份進入吉恩自治共和國國防軍官學校學習。在那里，他與來自SIDE3的名門子弟格爾瑪（柿原徹也飾）互相賞識，成為模擬好友。宇宙世紀0077年，學生們揭竿而起，發(fā)起了針對地球聯(lián)邦軍的武裝起義。對夏亞來說，他的復(fù)仇也由此拉開序幕……

一位吸血鬼貴族卡迪斯·艾特拉馬·迪·萊杰羅在沉睡了八百年后，被一個叫UNION的組織用某種手段，讓他蘇醒了過最新電視劇。時隔多年來到現(xiàn)代人類社會的他，第一次過上了向往的平凡的生活，然而麻煩接踵而至，于是他不得不和找他算賬的人進行戰(zhàn)斗。最終結(jié)局以萊與穆札卡死亡后因不明原因復(fù)活告結(jié)。

21世紀初，人類將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e潦草網(wǎng)。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發(fā)的時空歪曲，導(dǎo)致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰(zhàn)術(shù)”，通過殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉。但喜悅并未持續(xù)多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬年間持續(xù)成長生存、身高300米、質(zhì)量超過10萬噸，在進化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——。“弗圖亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應(yīng)道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機會了”。另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開發(fā)、在啟動前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構(gòu)成。這正是當時的開發(fā)設(shè)備至今仍然殘存的證明——。

世界的崩潰開始潦草網(wǎng)。暴走的大緬因貓獸吸收了黑暗進化的迪路獸、用強大的力量進化成了秩序獸。根據(jù)世界樹的想法，現(xiàn)實世界將被數(shù)碼世界所吞噬。在絕望迫近的時候，被選中的孩子們拼命地向前。現(xiàn)在太一不在了，能代替他帶隊的只有大和。「為了拯救世界，我們還有必須要做的事情！」加布獸的話給大和帶來了活力，而亞古獸則堅信太一定會回來。另一方面，恒常性要處置失去控制的秩序獸、并嘗試施行干涉現(xiàn)實世界的最終計劃。為了阻止毀滅的到來，被選召的孩子們和他們的搭檔拼命地戰(zhàn)斗。「所有的光芒，都匯聚在了緬因貓獸…」絕望的迪路獸向大家說到。孩子們做出最后決定的時候到了。被選中的孩子們，自己將選擇怎樣的未來？現(xiàn)在，冒險將再一次進化。

系列第三部最終話Netflix大門開啟，黃金的刻印切裂星80s電影。21世紀初，被哥斯拉奪走了地球的人類，將一部分人類送往其他恒星系移居，但這一計劃以失敗告終。失意地回到地球的人類，面對的是兩萬年后巨變的地球。一切動植物都擁有哥斯拉細胞，化作“怪獸行星”的地球。君臨于此的，是身高超過300m的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。燃起討伐哥斯拉執(zhí)念的主人公晴男，與人類的子孫種族弗圖亞相遇。晴男等人在弗圖亞雙子姐妹瑪伊娜和米亞娜的引導(dǎo)下，發(fā)現(xiàn)仍在持續(xù)增殖的對哥斯拉決戰(zhàn)兵器·機械哥斯拉的殘骸。他們使用構(gòu)成殘骸的納米金屬，令武裝要塞都市“機械哥斯拉都市”啟動，向“哥斯拉·地球”發(fā)起挑戰(zhàn)。在這一作戰(zhàn)的過程中，之前曾經(jīng)一同共存的異星人種族之一比爾沙爾德與人類之間的裂痕逐漸表面化。與比爾沙爾德首領(lǐng)·加爾格的“若要打倒哥斯拉，就要成為超越‘人’的存在”這一信念相對，晴男無法放棄“不可為了打倒怪獸而使自己也變成怪獸，應(yīng)該作為‘人’將其戰(zhàn)勝”這一信念。終于，晴男舍棄了打倒“哥斯拉·地球”的唯一機會，將加爾格殺死。另一方面，晴男的青梅竹馬優(yōu)子也由于比爾沙爾德進行的人體強制納米金屬化，而陷入腦死狀態(tài)。敗北感和虛無感在人類之間擴散。另一方的異星人，宗教種族埃克西弗的大司教·梅特菲斯，將晴男從戰(zhàn)斗中存活下來之事主張為“奇跡”，并借此增加信徒。這是為了達成埃克西弗隱藏起來的“終極目的”。米亞娜和瑪伊娜警戒著這樣的埃克西弗。此外，晴男也自問自己身為“人”應(yīng)該去做什么。不久，在沒人能打倒“哥斯拉·地球”的地球上，覆蓋著金色閃光的“基多拉”降臨，震天動地的超次元戰(zhàn)斗開始了。“哥斯拉”是什么？“人”應(yīng)該去做的事情是什么？晴男眼中的未來又是——。最終章中，一切都將明了。