二十世紀最后的夏8090電影。那一天，人類終于知道自己并非地球這顆行星唯一的統治者。巨型生物「怪獸」，以及驅逐怪獸的終極存在「哥斯拉」出現了。經歷與怪獸之間長達半個世紀的戰爭，人類屢戰屢敗，最終計劃逃出地球。2048年，經過中央政府管理的人工智能篩選，一部分人類乘坐跨恒星移民飛船「阿拉特拉姆」號踏上了前往11.9光年之外的「鯨魚座τ星e」的旅程。然而，人類花費20年所抵達的星球與地球之間的環境差距遠超預期，不適宜人類生存。移民飛船上有一名青年——晴雄。4歲的時候，他親眼目睹父母被哥斯拉殺害。20年來他始終想著回到地球消滅哥斯拉。移民的可能性已經灰飛煙滅，飛船內的生存環境也越發惡劣，以晴雄為中心的「重返地球派」成為主流，他們決定經過危險的長距離亞空間航行返回地球。然而，地球經過2萬年的演化已經形成了以哥斯拉為頂端的生態體系，完全成為了一個未知世界。最終人類能否奪回地球？晴雄的命運又將如何？

21世紀初，人類將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e潦草網。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發的時空歪曲，導致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術”，通過殊死戰斗成功擊倒了哥斯拉。但喜悅并未持續多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現身了。兩萬年間持續成長生存、身高300米、質量超過10萬噸，在進化成這種姿態的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——。“弗圖亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機會了”。另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰兵器”所開發、在啟動前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質所構成。這正是當時的開發設備至今仍然殘存的證明——。

黑子哲也及火神大我加入了誠凜高中籃球80s電影。相對于有著絕佳球感的火神，黑子卻是一名在場上“幾乎沒有存在感”的球員。但其實，黑子曾是籃球強校帝光國中籃球隊的一員，曾與被稱為“奇跡時代”的5位天才并肩戰斗，以“夢幻的第6人”的稱號活躍在籃球場上。“影”與“光”的二人搭檔成為校隊主力，帶領誠凜高中成功打進了冬季選拔賽，并在選拔賽中擊敗其他擁有“奇跡時代”成員的各路強隊，獲得了全國冠軍。就在二人升上高二后的那個暑假末尾，由一批18歲左右的美國籃球天才組成的街球隊伍“Jabberwock”來訪日本，并與日本男籃國家隊進行友誼賽。他們以壓倒性的實力讓日本隊慘敗，還嘲笑了他們一番。此舉激怒了誠凜高中籃球隊教練麗子的父親景虎。這位曾經的日本籃球國手決定集結黑子與火神，以及“奇跡時代”的其他成員，臨時組建夢幻球隊“VORPALSWORDS”，誓言向“Jabberwock”復仇！一場最激烈的決戰，就此打響!