警方為應(yīng)付未確認(rèn)生命體而開發(fā)了G3系統(tǒng)，這套G3系統(tǒng)是根據(jù)未確認(rèn)生命體4號(hào)即幪面超人古迦的力量而設(shè)計(jì)出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗6080yy。警方另一部門在荒島上發(fā)現(xiàn)了古代文明，並進(jìn)行解碼。當(dāng)未確認(rèn)生命體再次出現(xiàn)，連G3也不是其對(duì)手時(shí)，神秘的金色幪面超人亞極陀登場(chǎng)，這個(gè)幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。翔一暫住在美杉義彥的家，認(rèn)識(shí)了擁有超能力的風(fēng)谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發(fā)現(xiàn)一本記事薄，當(dāng)中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發(fā)現(xiàn)自己是另一個(gè)幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當(dāng)涼變身磯烙使後會(huì)出現(xiàn)後遺証。有次他相當(dāng)危險(xiǎn)，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現(xiàn)的未確認(rèn)生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。後來，涼誤會(huì)女朋友是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對(duì)峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰(zhàn)團(tuán)對(duì)付磯烙使。可惜G3聯(lián)手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認(rèn)生命體雖然愈來愈厲害，但也被擊倒。第三個(gè)幪面超人是由木野薰變身，他雖然會(huì)優(yōu)先對(duì)付未確認(rèn)生命體，但亦會(huì)對(duì)付磯烙使和亞極陀，因他認(rèn)為世上有他就夠了。後來他被強(qiáng)化了的磯烙使所敗，又被涼所救而作出改變。原來謎的青年是遠(yuǎn)古使用闇力量的創(chuàng)造主，他今次派出水的精靈對(duì)付三個(gè)幪面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，再合四人之力，將他打敗。在警方和真魚的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)翔一的姐姐木雪菜也曾經(jīng)變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會(huì)變成亞極陀，真魚更發(fā)現(xiàn)她的父親的死和亞極陀有關(guān)而疏離翔一。這時(shí)闇的創(chuàng)造主親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風(fēng)、地、水三精靈，翔一、涼和誠的最後一戰(zhàn)在此展開。

「超能力開發(fā)研究所」突然遭到無數(shù)不明生命體的攻擊，研究所已經(jīng)完全被破壞殆最新福利片。混亂中，原本在研究所中被實(shí)驗(yàn)的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數(shù)月之後，不明生命體的政擊再度出現(xiàn)，這次的目標(biāo)竟然是紗綾香，翔一聞?dòng)嵵崃⒓醋兩頌榧倜骝T士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現(xiàn)了，他的出現(xiàn)讓眾人非常驚訝。因?yàn)樵趦蓚€(gè)月前，G4的藍(lán)圖被盜，它的力量強(qiáng)大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰(zhàn)爭(zhēng)即將開打！！