在遠(yuǎn)離大都會(huì)的小山村，住著巫女世家出身的高中女孩宮水三葉（上白石萌音配音）。校園和家庭的原因本就讓她充滿煩惱，而近一段時(shí)間發(fā)生的奇怪事件，又讓三葉摸不清頭腦。不知從何時(shí)起，三葉在夢(mèng)中就會(huì)變成一個(gè)住在東
天地靈氣孕育出一顆能量巨大的混元珠，元始天尊將混元珠提煉成靈珠和魔丸，靈珠投胎為人，助周伐紂時(shí)可堪大用；而魔丸則會(huì)誕出魔王，為禍人間。元始天尊啟動(dòng)了天劫咒語，3年后天雷將會(huì)降臨，摧毀魔丸。太乙受命將靈珠托生于陳塘關(guān)李靖家的兒子哪吒身上。然而陰差陽錯(cuò)，靈珠和魔丸竟然被掉包。本應(yīng)是靈珠英雄的哪吒卻成了混世大魔王。調(diào)皮搗蛋頑劣不堪的哪吒卻徒有一顆做英雄的心。然而面對(duì)眾人對(duì)魔丸的誤解和即將來臨的天雷的降臨，哪吒是否命中注定會(huì)立地成魔？他將何去何從？
正在調(diào)查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛(wèi)隊(duì)二尉有動(dòng)貴文（大澄賢也），遇到了突然出現(xiàn)的藍(lán)光，受發(fā)光體的影響，導(dǎo)致遺傳因子標(biāo)準(zhǔn)的變質(zhì)，變成了兇惡的怪獸THEONE。之后，他（THEONE）從防衛(wèi)廳內(nèi)的特殊機(jī)關(guān)BCST（對(duì)生物工程學(xué)的研究機(jī)關(guān)）的監(jiān)視下逃走，從此就沒了音訓(xùn)。另一方面，航空自衛(wèi)隊(duì)F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點(diǎn)時(shí)間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢(mèng)決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發(fā)光體”在空中相遇。這是theone事件后3個(gè)月發(fā)生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉(zhuǎn)職成為了民
高中生日暮竇子（鈴川紗由配音）擁有看見其他人內(nèi)心顏色的能力，她憧憬著同學(xué)作永君（高石明里配音）身上亮麗的色彩。作永退學(xué)后，竇子在小鎮(zhèn)的舊書店找到了她，并結(jié)識(shí)了同樣擁有明亮色彩的少年影平路易（木戶大圣配
少年牧真人的母親葬身火海后，他隨父親與繼母組成新家庭。深陷悲傷的真人陰郁孤僻，難以融入新環(huán)境。一次意外，他跟隨一只會(huì)說話的蒼鷺闖入廢棄的神秘塔樓，卻不料進(jìn)入了奇幻的“亡靈世界”，開始了一場(chǎng)不可思議的冒險(xiǎn)……影片片名致敬了小說家吉野源三郎在1937年發(fā)表的同名著書，但電影故事由宮崎駿原創(chuàng)。